GKIN berdiri sebagai realisasi dari visi organisasi misi yang bernama OMS (Oriental Missionaris Society), kemudian menjadi OMS Internasional dan sekarang menjadi One Mission yang rindu menjangkau dunia bagi Kristus. Pada tahun 1968 OMS mengadakan survey ke Indonesia. Tahun 1971 bekerjasama dengan Lembaga Pelayanan Mahasiswa Indonesia (LPMI) OMS masuk ke Indonesia. Pada tahun yang sama, Yayasan Pekabaran Injil Nusantara ( PINTA ) didirikan dan menaungi lembaga misi OMS. Dalam melaksanakan misinya di Indonesia, OMS berkonsentrasi dalam tiga (3) bidang pelayanan, yaitu bidang penginjilan, penanaman gereja dan mendirikan Sekolah Theologia.

Sebagai sarana penginjilan, OMS melayani pemutaran film-film rohani dan mendirikan Balai Persahabatan Mahasiswa (BAPERMA). Untuk melatih penginjil-penginjil, OMS bekerjasama dengan Institut Alkitab Aletheia dengan cara memberi sponsor kepada beberapa mahasiswa di sana. Namun karena kebutuhan yang mendesak akan tenaga-tenaga pelayan maka pada tahun 1975, OMS mendirikan sebuah semacam Sekolah Alkitab yang diberi nama Pusat Latihan Theologi Nusantara (PLTN) sebagai bagian dari pendidikan. Para mahasiswa PLTN dituntut pergi ke tempat pelayanan pada waktu akhir pekan untuk mengadakan penginjilan dengan sasaran berikutnya pada pendirian dan pembentukan gereja-lokal. PLTN inilah yang menjadi cikal-bakal Sekolah Tinggi Alkitab Nusantara.

Sampai akhir tahun 1976, pelayanan mahasiswa telah menghasilkan lebih kurang 13 buah gereja-lokal yang tersebar di beberapa kota. Misalnya di Blitar, Malang, Surabaya, di Denpasar - Bali. Gereja-Lokal ini diberi nama Gereja Kristen Injili Nusantara. Dengan adanya beberapa gereja-lokal inilah kemudian GKIN mendaftarkan diri ke Direktorat Jendral Bimbingan Masyarakat Kristen Protestan di Jakarta pada tanggal 16 Desember 1976. Pada tanggal 12 Januari 1977, GKIN secara resmi telah terdaftar di Departemen Agama Republik Indonesia, dengan nomer E/Ket/10/0044/77.